در کشاورزی ارگانیک، کلا محصولات و حیوانات متنوعی پرورش داده می‌شود . این تنوع بدین معنی است که خطر نوسان تولید بواسطه واکنش متفاوت محص ولات مختلف نسبت به تغییرات اقلیمی و زمان های مختلف رشد، پخش می‌شود.
امنیت غذایی لزوماً از طریق خودکفایی محصولات غذایی بدست نمی‌آید . تقاضای مصرف‌کننده برای موادغذایی تولید شده به شیوه ارگانیک و گاهی اوقات بیمه‌های مؤثر فرصت‌های جدید صادراتی برای کشاروزان کشورهای جهان سوم ایجاد می کند و از این طریق خودکفایی افزایش می یابد.

کشاورزی ارگانیک از راه‌های مختلفی می‌تواند بر امنیت غذایی محلی تاثیر داشته باشد .کشاورزان ارگانیک هزینه‌های اولیه زیادی ندارند بنابراین پول کمتری قرض می‌کنند. نهاده‌های شیمیایی در نتیجه کاهش سوبسیدها برای تعداد بسیاری از کشاروزان فقیر قابل تهیه نیست. بهبود ساختمان خاک شاید تنها روش پایدار اقتصادی برای کشاورزان خرده پا باشد. این ویژگی فرایند تولیدی کشاورزان ارگانیک باعث می‌شود، مصرف‌کنندگان و کشاورزان ارگانیک نسبت به عاملی که کنترل کمی روی آن دارند، وابستگی کمتری داشته باشند و بدین ترتیب است که وضعیت امنیت غذایی بهبود می یابد.
۲-۳-۱-۳- اثرات زیست محیطی
کشاورزان ارگانیک از مصرف کودهای شیمیایی صرف نظر کرده‌اند. بسیاری از طرح‌های صدورگواهی نیز مصرف کودهای معدنی را محدود کرده است. این کودها منحصرا می تواند به عنوان مکمل مواد آلی تولید شده در مزرعه استفاده شوند. در این کار مزایای زیست محیطی به شرح ذیل وجود دارد، نیازی به استفاده از انرژی فسیلی غیرقابل تجدید نیست و آبشویی نیتروژن کاهش می‌یابد . در عوض، کشاورزان حاصلخیزی خاک را از طریق استفاده از کود آلی (نوع کود و طریقه پخش آن بر میزان نیتروژن خاک اثر فوق‌العاده‌ای دارد و در صورت استفاده نادرست منجر به بروز مشکل آبشویی خواهد شد)، بقایای گیاهی(مانند بقایای برنج و ساقه های ذرت خرد شده) گیاهان خانواده بقولات، کودهای سبز و سایر کودهای طبیعی (مانند علفهای دریای، کود مرغی و سنگ فسفات) افزایش می‌دهند.
بسیاری از کشاورزان فقیر به کود دامی که یکی از اجزاء مهم حاصلخیزی است دسترسی ندارند. گاهی اوقات ممکن است کشاورزان ارگانیک از لجن فاضلاب استفاده کنند که این مواد حاوی عوامل بیماری زا و سایر آلودگی‌هاست. خاک برخی مناطق کشورهای حاره‌ای دارای حاصلخیزی کمی است و استفاده از نهاده‌های شیمیایی در آنجا الزامی است.
در کشاورزی ارگانیک محصولات و دام‌های متنوعی بایستی وجود داشته باشد . بسیاری از محصولات غذایی بومی(مانند انبه، نخل روغن، ارزن، سیب زمینی هندی و ذرت خوشه ای)، بقولات و سایر گیاهان تحت کشت می توانند در تناوب زراعی گنجانده شوند.
۲-۳-۱-۴- اثرات اجتماعی
ماهیت کشاورزی ارگانیک بگونه ای است که باعث می‌شود دانش و گونه های بومی که غالبا نادیده گرفته می‌شوند در این سیستم کشاورزی، ارزش زیادی پیدا کند .در بسیاری مناطق این دانش بواسطه معرفی کشاورزی پرنهاده، ترویج سیستم تک کشتی و انتخاب محصولات اصلاح شده رو به زوال رفته است.
مدیریت ارگانیک که متکی بر دانش بومی ، پیچیدگی تعاملات و گوناگونی شرایط از محلی به محل دیگر متفاوت است، مطلوب اراضی بزرگ تولیدی نیست. بنابراین کشاورزی ارگانیک نیازمند توزیع عادلانه‌تر و حق دسترسی عادلانه‌تر به منبع تولیدی مهمی به نام« زمین» است.
فعالیت در سیستم کشت ارگانیک به معنی آزمایش فنون جدید، مدیریت خاص زمان کاری، سرمایه گذاری در زمینه اقدامات مربوط به مدیریت خاص فضاها، پذیرش و اصلاح راه حل‌های تغییرات، مقایسه گزینه‌های مختلف با کشاورزانی که دارای شرایط مشابهی هستند و انتخاب گزینه بهینه می‌باشد. این کار تنها از طریق مشارکت کشاورزان در تحقیق و کاربرد نتایج تحقیقات قابل حصول است .
اجرای تحقیقات درون مزرعه‌ای می‌تواند جوامع روستایی را حمایت کرده و دانش جدیدی بوجود آورد که همه کشاورزان از آن منتفع شوند.
نیاز دائمی به نیروی کار در کنار افزایش ظرفیت زمین و حفاظت آب در کشاورزی ارگانیک می‌تواند افراد را به اختصاص دائمی زمین زراعی خود به کشت ارگانیک تشویق کند و بدین ترتیب به جوامع روستایی نیروی تازه‌ای بخشد.
بهبود موقعیت زنان در کشاورزی به عنوان موضوع مهمی در کشاورزی ارگانیک شناخته شده است. دستیابی به کار، توزیع کار براساس جنسیت و دسترسی به دانش ملاحظات مهمی هستند.
در کشاورزی ارگانیک، استفاده از نهاده‌های در دسترس محلی تشویق می‌شود. اثر استفاده از نهاده‌های محلی بر جوامع محلی نسبت به زمانی که نهاده ها از خارج جامعه کشاورزی به سیستم وارد می‌شود بسیار بیشتر است.
در مواردیکه سموم و آفت‌کش‌های شیمیایی از خارج جامعه کشاورزی وارد می‌شود، پذیرش فنون کشاورزی ارگانیک به معنی کاهش واردات نهاده‌ها و کاهش نیاز به پول خارج (ارز) است. در کشاورزی ارگانیک مشخص نیست که در چه موردی نیاز به نیروی کار بیشتر است.
در مناطقی که عملیات افزایش ارزش افزوده (مانند فراوری و بازاریابی) محصولات ارگانیک در حال انجام است، نیروی کار بیشتری مورد نیاز است و توزیع خاص نیروی کار را طلب می کند. ویژگی فعلی بازار کشاورزی ارگانیک این کار را مساعدتر کرده است.

۲-۳-۲- جنبه های تکنیکی زراعت در کشاورزی ارگانیک

الف) مدیریت خاک در کشاورزی ارگانیک
ب) مدیریت تغذیه گیاهی در کشاورزی ارگانیک
ج) مدیریت تناوب زراعی در کشاورزی ارگانیک
د) مدیریت علف های هرز در کشاورزی ارگانیک
ه) مدیرت کنترل آفات و بیماری­ها در کشاورزی ارگانیک (میر­دامادی و خادمی،۱۳۸۲ ).

۲-۳-۲-۱- مدیریت خاک در کشاورزی ارگانیک

هدف از مدیریت خاک در نظام ارگانیک، حفظ سلامت و فعالیت بیولوژیکی خاک و ایجاد محیطی مناسب برای رشد گیاه می‌باشد که به منظور تولید بیشتر مواردی چون جلوگیری از فرسایش آبی و بادی، هدر رفتن آبها در مناطق خشک، زهکش، ایجاد محیطی مناسب برای رشد گیاه، انجام عملیات صحیح زراعی و حفظ پوشش گیاهی در خاک های کم هوموس لحاظ می گردد، ضمن آنکه در این نظام باید از اثرات متقابل محصول زراعی، خاک و تاثیر مدیریت کشت، اطلاعات کافی داشت. با توجه به اینکه خاک شدیداً تحت تاثیر عملیات شخم قرار دارد. از این رو در روش ارگانیک، شخمی مورد نظر می‌باشد که با حفظ ساختمان خاک و پوشش گیاهی مناسب، طول زمانی نسبتاً بیشتری را در تناوب فراهم سازد.

۲-۳-۲-۲- مدیریت تغذیه گیاهی در کشاورزی ارگانیک

در مدیریت تغذیه گیاهی تاکید بر این است که با کاهش مصرف منابع خارجی برای تامین عناصر غذایی، از هدر رفتن عناصر جلوگیری شود و میکروارگانیزم های خاک بتوانند عامل گردش عناصر غذایی در خاک را به انجام رسانند، به نحوی که در صورت خروج مواد آلی و عناصر غذایی در هنگام برداشت، جایگزینی این مواد تامین گردد. فرایند هدر رفتن عناصر غذایی بایستی با بهره گرفتن از فرآیندهای چرخه طبیعی و تثبیت بیولوژیکی ازت به حداقل کاهش یابد. یک سیستم مطلوب را می‌توان در تلفیق نظام های زراعی و دامداری جستجو نمود که ماحصل مزرعه در دامداری و ضایعات دامداری در مزرعه مصرف گردد.

۲-۳-۲-۳- مدیریت تناوب زراعی در کشاورزی ارگانیک

در اثر برداشت محصول، عناصر غذایی بسیار زیادی از خاک خارج می‌شود و چنانچه کشت پی­در­پی ادامه یابد، کاهش مقاومت محصول در برابر خسارت و آفات و بیماری­ها و کند شدن رشد را به همراه خواهد داشت. اهدافی که در این بخش مورد توجه است، شامل حداقل نمودن علف­های هرز مزرعه، کنترل بیماری­ها و آفات از طریق افزایش تنوع فضایی در بعد زمانی و مکانی می‌باشد.

۲-۳-۲-۴- مدیریت علف های هرز در کشاورزی ارگانیک

تفکر کشاورزی نوین به از بین بردن علف­های هرز استوار است و سعی بر این است که با هر وسیله چه مکانیکی و چه شیمیایی، کلیه علف­های هرز از بین برود. اگر چه علف­های هرز به دلیل رقابت با گیاهان زراعی کاهش عملکرد آنها را فراهم می ­آورد و برخی نیز به صورت انگل می­باشد ولی علف­های هرز دارای محاسنی نیز هستند، از جمله می­توانند با ایجاد پوشش مناسب در سطح خاک از فرسایش خاک جلوگیری نمایند و یا ریشه آنها در بهبود فعالیت بیولوژیک خاک تاثیر داشته و ممکن است بعضی مواد شیمیایی تولید شده توسط علف­های هرز اثرات مثبتی بر روی گیاهان زراعی داشته باشد. کشاورزی ارگانیک با تلاش برای از بین بردن علف­های هرز مخالف است.
لذا توصیه می­ کند نوارهایی از علف­های هرز در بین ردیف­های زراعی باقی بماند، که این قسمت‌ها بتوانند حشرات مفید را به خود جلب نموده و به کنترل علف­های هرز کمک نمایند. این نوع کشاورزی معتقد است که کنترل علف­های هرز باید به صورت تعادلی بوده و بین گونه­ های زراعی و گونه­ های هرز تعادلی برقرار باشد.

۲-۳-۲-۵- مدیریت کنترل آفات و بیماری­ها در کشاورزی ارگانیک

مصرف آفت‌کش‌ها از دستاوردهای کشاورزی پیشرفته بوده و پس از مشخص شدن آثار زیانبار آنها اگر چه امروزه در بسیاری از کشورهای پیشرفته کمتر مورد استفاده قرار می­گیرند و استفاده از آنها ممنوع شده اما در کشورهای کم­توسعه یافته هم چنان به طور فزآینده­ای مصرف می­شوند. برخی از مشکلات آفت‌کش‌ها به قرار زیر می­باشد:
الف) وجود ماهیت شیمیایی آفت‌کش‌ها باعث برهم خوردن اکوسیستم خاک و موجودات زنده و حیوانات می­گردد.
ب) ایجاد مسمومیت در انسان
ج) آلودگی هوا
د) از بین بردن حشرات مفید
ه) بی­اثر بودن قارچ­ها به دلیل مقاوم شدن این نوع آفات
و) تاثیر معکوس برخی آفت‌کش‌ها ، یعنی ازدیاد جامعه آفات
منظور از کنترل بیولوژیکی، کاربرد کودهای آلی، تناوب، رعایت تاریخ کشت، کود سبز، اصلاح ارقام مقاوم و تقویت دشمنان طبیعی آفات می­باشد. ضمن آنکه این تفکر در کشاورزی ارگانیک وجود دارد که اگر در خاک توازن مواد غذایی برقرار باشد، افزایش قدرت گیاه او را از آسیب دیدگی در برابر بیماری­ها در امان داشته و گیاه دارای قابلیت بیشتری برای مقابله با عوامل بیماری­زا می­ شود (میر­دامادی، خادمی، ۱۳۸۲).
۲-۴- معایب کشاورزی ارگانیک
معایب عمده کشاورزی ارگانیک به شرح ذیل می باشد:
۲-۴-۱- محصولات غذایی ارگانیک گرانتر از محصولات غیرارگانیک هستند.
در سالهای اولیه پیدایش جنبش ارگانیک تولیدکنندگان این شیوه کشاورزی در انزوا قرار داشتند. درآمد آنها کم و مجبور به کشت و کار در اراضی نامرغوبتر و دوردست‌تر بودند . هیچ گونه نظارت، کنترل و تضمینی برای قیمت محصولات ارگانیک وجود نداشت . کشاورزان ارگانیک اغلب از جانب کشاورزان و مردم به تمسخر گرفته می‌شدند . امروزه جنبش ارگانیک از لحاظ سیاسی در جایگاه مناسبی قرار داشته و از جانب طرفداران محیط زیست و منتقدین شیوه‌های کشاورزی رایج حمایت می‌شوند . از لحاظ تجاری نیز، افزایش تعداد کشاورزان ارگانیک امکان ایجاد تعاونی‌های بازاریابی محصولات را فراهم آورده است. این تعاونی‌ها باعث شده است تا کشاورزان مزبور در هنگام معامله با فروشندگان کل از موضع قدرت بیشتری برخورد کنند. قیمت محصولات ارگانیک در مقایسه با محصولات غیرارگانیک بیشتر است. به عنوان مثال آرد گندم ارگانیک دو برابر غیرارگانیک آن قیمت دارد. بدین ترتیب کمبود عملکرد جبران می‌شود.
۲-۴-۲-کشاورزی ارگانیک به نیروی کار بیشتری نیاز دارد.
در مقایسه با مزارع کشاورزی رایج، در مزارع ارگانیک از نیروی کار چه به صورت موقت یا به صورت تمام وقت ، به نسبت بیشتر استفاده می‌شود . علت عمده این امر تنوع بیشتر فعالیت‌ها، عملیات بازاریابی و فرایندسازی محصول و نسبت بیشتر سبزیجات و گیاهان ریشه‌ای در تناوب مزارع ارگانیک می‌باشد. مطالعات متعدد حاکی از تأثیراندازه مزرعه و نیروی کار مورد نیاز است. در مزارع کوچک استفاده از نیروی کار و نیاز به آن در هر هکتار نسبت به مزارع ارگانیک بزرگتر، بیشتر است .
آنچه مسلم است در اکثر مزارع ارگانیک نیروی کار خانواده نقش مهمی را بر عهده دارد و در مواردی که وسعت و گستردگی فعالیت ایجاب کند، اقدام به استخدام نیروی کار اضافی خواهد شد.
نیاز به نیروی کار بیشتر در مزارع ارگانیک برای کشورهای جهان سوم که بیکاری یک معضل بزرگ است، یک فرصت به شمار می‌رود.